Faktura zaliczkowa w KSeF dokumentuje otrzymaną przedpłatę, rodząc obowiązek podatkowy w VAT w momencie jej otrzymania, lecz co do zasady nie stanowi przychodu w podatku dochodowym (PIT/CIT). Fakturę końcową wystawia się po realizacji dostawy lub usługi, pomniejszając ją o wartość zaliczki. Obie faktury, w ramach obowiązkowego KSeF od 2026 roku, będą wystawiane jako faktury ustrukturyzowane, co ujednolici i przyspieszy ich obieg.

Faktura zaliczkowa w KSeF – skutki w VAT i terminy

Otrzymanie zaliczki, zadatku czy przedpłaty na poczet przyszłej dostawy towarów lub wykonania usługi rodzi obowiązek podatkowy w VAT. Momentem jego powstania jest dzień otrzymania zapłaty. Podatnik ma obowiązek udokumentować to zdarzenie fakturą zaliczkową.

Kluczowe zasady dotyczące faktury zaliczkowej:

• Termin wystawienia: Fakturę zaliczkową należy wystawić nie później niż 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym otrzymano całość lub część zapłaty.
• Obowiązek podatkowy w VAT: Powstaje po stronie sprzedawcy w momencie otrzymania zaliczki, w odniesieniu do otrzymanej kwoty. Podatek należy wykazać w pliku JPK_V7 za okres, w którym wpłynęła płatność.
• Prawo do odliczenia VAT: Nabywca może odliczyć podatek naliczony w okresie, w którym otrzymał fakturę zaliczkową, lub w jednym z trzech kolejnych okresów rozliczeniowych (zgodnie z art. 86 ust. 11 ustawy o VAT). W KSeF za dzień otrzymania faktury uznaje się datę przydzielenia jej numeru identyfikującego w systemie.
• Wyjątek – zaliczka i dostawa w tym samym miesiącu: Zgodnie z art. 106b ust. 1a ustawy o VAT, podatnik nie ma obowiązku wystawiania osobnej faktury zaliczkowej, jeżeli otrzymał zaliczkę i dokonał dostawy towaru lub wykonał usługę w tym samym miesiącu. W takiej sytuacji wystarczy jedna faktura końcowa, wystawiona do 15. dnia następnego miesiąca, która będzie zawierała datę otrzymania zaliczki.

Przykład: Firma A zamówiła u Firmy B usługę o wartości 10 000 zł netto + 2 300 zł VAT. W dniu 10 marca Firma B otrzymała zaliczkę w wysokości 50% wartości brutto, czyli 6 150 zł. Dostawa usługi nastąpiła 5 kwietnia.

1. Obowiązek Firmy B (sprzedawcy):
   • Otrzymanie zaliczki 10 marca rodzi obowiązek podatkowy w VAT.
   • Podstawa opodatkowania: 6 150 zł / 1,23 = 5 000 zł.
   • Podatek VAT należny: 5 000 zł × 23% = 1 150 zł.
   • Firma B musi wystawić w KSeF fakturę zaliczkową na kwotę 6 150 zł brutto (z VAT 1 150 zł) najpóźniej do 15 kwietnia.
   • Podatek w wysokości 1 150 zł wykazuje w JPK_V7M za marzec.
2. Prawo Firmy A (nabywcy):
   • Po otrzymaniu faktury zaliczkowej w KSeF (np. 12 marca), Firma A nabywa prawo do odliczenia 1 150 zł VAT naliczonego w deklaracji za marzec lub w jednym z trzech kolejnych miesięcy (kwiecień, maj, czerwiec).

Faktura końcowa – jak prawidłowo rozliczyć zaliczkę w KSeF

Faktura końcowa jest wystawiana po zrealizowaniu transakcji, na którą wcześniej pobrano zaliczkę. Jej celem jest rozliczenie całości transakcji z uwzględnieniem już dokonanych przedpłat.

Elementy faktury końcowej w KSeF:

• Musi zawierać numery KSeF wszystkich poprzedzających ją faktur zaliczkowych.
• Wartość sprzedaży brutto i kwotę podatku należy pomniejszyć o wartość opodatkowanych zaliczek.
• Wskazuje pozostałą kwotę do zapłaty.

Przykład (kontynuacja): Po wykonaniu usługi 5 kwietnia, Firma B wystawia Firmie A fakturę końcową w KSeF.

• Całkowita wartość usługi: 12 300 zł brutto (10 000 zł netto + 2 300 zł VAT).
• Wartość opłaconej zaliczki: 6 150 zł brutto (5 000 zł netto + 1 150 zł VAT).
• Faktura końcowa będzie zawierać:
  • Pełną wartość zamówienia (12 300 zł brutto).
  • Numer KSeF faktury zaliczkowej z 12 marca.
  • Kwotę należnego podatku pomniejszoną o podatek z zaliczki: 2 300 zł - 1 150 zł = 1 150 zł.
  • Pozostałą kwotę do zapłaty: 12 300 zł - 6 150 zł = 6 150 zł brutto.

Firma B wykaże pozostałe 1 150 zł VAT należnego w JPK_V7M za kwiecień. Firma A odliczy tę kwotę na podstawie faktury końcowej.

Zaliczka w podatku dochodowym (PIT i CIT)

Zasady rozliczania zaliczek w podatkach dochodowych są diametralnie inne niż w VAT. Co do zasady, otrzymana zaliczka jest neutralna podatkowo w momencie jej otrzymania.

• Przychód u sprzedawcy: Otrzymana zaliczka na poczet dostaw towarów i usług, które zostaną wykonane w następnych okresach sprawozdawczych, nie stanowi przychodu podatkowego w dacie jej otrzymania. Przychód powstaje dopiero w dniu wykonania usługi lub wydania towaru, nie później niż w dniu wystawienia faktury (końcowej).
• Koszt u nabywcy: Zapłacona zaliczka nie jest kosztem uzyskania przychodu w momencie jej zapłaty. Wydatek staje się kosztem podatkowym dopiero w momencie otrzymania towaru lub wykonania usługi, co jest dokumentowane fakturą końcową.

Terminy i zasady szczególne w KSeF

Obowiązek fakturowania w KSeF wejdzie w życie w dwóch etapach:

• od 1 lutego 2026 r. – dla podatników, których sprzedaż brutto w 2024 r. przekroczyła 200 mln zł,
• od 1 kwietnia 2026 r. – dla wszystkich pozostałych przedsiębiorców.

W KSeF datą wystawienia i otrzymania faktury (zarówno zaliczkowej, jak i końcowej) jest data przydzielenia jej numeru identyfikującego w systemie. Ustawodawca przewidział jednak procedury na wypadek problemów technicznych:

• Tryb offline24: W przypadku braku dostępu do internetu, podatnik może wystawić fakturę elektroniczną zgodną ze wzorem KSeF. Zgodnie z art. 106nda ustawy o VAT, musi ją przesłać do systemu nie później niż w następnym dniu roboczym po dniu jej wystawienia.
• Awaria KSeF: W przypadku ogłoszonej awarii systemu, podatnik ma obowiązek przesłać wystawione w tym czasie faktury do KSeF w terminie 7 dni roboczych od dnia zakończenia awarii (art. 106nf ust. 4 ustawy o VAT).

Najczęstsze pytania

Czy muszę wystawić fakturę zaliczkową, jeśli dostałem zaliczkę i w tym samym miesiącu dostarczyłem towar? Nie. Zgodnie z art. 106b ust. 1a ustawy o VAT, w takiej sytuacji nie ma obowiązku wystawiania osobnej faktury zaliczkowej. Wystarczy wystawić jedną fakturę (końcową) w terminie do 15. dnia następnego miesiąca, podając na niej datę otrzymania zaliczki.

Otrzymałem zaliczkę na poczet wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów (WDT). Czy muszę wystawić fakturę zaliczkową w KSeF? Nie. Otrzymanie zaliczki na poczet WDT nie rodzi obowiązku podatkowego w VAT, w związku z czym nie ma obowiązku wystawiania faktury zaliczkowej. Obowiązek podatkowy i obowiązek wystawienia faktury powstają dopiero z chwilą dokonania dostawy towarów, nie później niż 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu dostawy.

Kiedy mogę odliczyć VAT z faktury zaliczkowej otrzymanej przez KSeF? Prawo do odliczenia VAT powstaje w okresie rozliczeniowym, w którym faktura otrzymała numer w KSeF (co jest równoznaczne z jej otrzymaniem), lub w jednym z trzech następnych okresów rozliczeniowych (dwa dla rozliczeń kwartalnych), zgodnie z art. 86 ust. 11 ustawy o VAT.

Czy zapłacona zaliczka jest dla mnie kosztem uzyskania przychodu w PIT/CIT? Nie. Zapłata zaliczki nie jest momentem poniesienia kosztu podatkowego. Koszt można rozpoznać dopiero po otrzymaniu towaru lub wykonaniu usługi, co jest zazwyczaj udokumentowane fakturą końcową.

Każdy przypadek wymaga indywidualnej analizy, dlatego w razie wątpliwości zaleca się konsultację z doradcą podatkowym.